Yksi suurimmista ekstra-neitsytoliiviöljyyn liittyvistä myyteistä koskee sen väriä, sillä monet kuluttajat pitävät väriä laadun merkkinä.
Ekstra-neitsytoliiviöljyt voivat olla väriltään vaaleankeltaisesta tummanvihreään, ja niiden välillä on laaja valikoima sävyjä, mukaan lukien oranssi. Öljyn värin määräävät luonnolliset pigmentit, erityisesti klorofylli (vihreä pigmentti) ja karotenoidit (keltaoranssi pigmentti). Värin sävy riippuu pääasiassa seuraavista tekijöistä: